El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows ha confirmado que los jugadores no se perderán contenido crucial al centrarse en un solo protagonista. Assassin's Creed Shadows ofrece una opción entre dos personajes jugables: Naoe, una femenina shinobi y Yasuke, un samurai africano histórico, una elección que ha generado una importante discusión previa al lanzamiento.
A algunos fanáticos se les preocupaba que favorecer a un personaje pueda conducir a los puntos clave de la trama o el juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Tiendo a cambiar entre personajes de manera bastante uniforme. Por ejemplo, podría pasar 3-5 horas con un protagonista, luego cambiar y jugar otras 2-3 horas con la segunda".
Sin embargo, Dumont aseguró a los jugadores que centrarse en un personaje no obstaculizará significativamente su experiencia. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. Él alienta a los jugadores a jugar como prefieren: "No creo que te pierdas mucho. Realmente se reduce a tu estilo de juego personal. Podrías pensar: 'Muy bien, veré cómo el juego se ajusta en función de qué personaje esceo'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.